На косі Бірючий острів водно-болотна рослинність займає близько 1800 га, лучна, в т. ч. засолені луки – 3200 га, степова (піщані степи) – 800 га, літоральні угруповання – (340 га), галофітна рослинність – 200 га, лісова – 232 га, рослинність трансформованих територій – 11,4 га. На островах Сиваша степова рослинність (справжні та зпустелені степи) займає 832 га, солонцева та солончакова рослинність – 200 га, лучна рослинність – близько 150 га, водно-болотна рослинність – 5 га, рослинність трансформованих територій – 9 га
Загальна кількість видів рослин у флорі НПП налічує близько 890 видів. Вищих рослин 768, лишайників – 35, водоростей – 87. До ЧКУ занесені 32 види рослин, а саме (астрагал дніпровський, мачок жовтий, чебрець прибережний, тамарикс стрункий, морківниця прибережна, ковила дніпровська, ковила волосиста, ковила Лессінга, ковила українська, золотоборідник цикадовий, цибуля скіфська, цибуля переодягнена, холодок коротколистий, холодок Палласа, Холодок прибережний, тюльпан Шренка.